地球，早已不是属于人类的世界。 世界已经被引发特异点（Singularity）的机械群所支配，人类只能缩在角落，隐去身影以求长存。
搬运工的“裘德 (ジュード)”那里收到了一个委托。其内容为，将不受特异点机械群所影响的少女型机器人（アンドロイド）“菲利亚（フィリア，意为友爱）”进行运送。 虽然对菲利亚那些不懂事的言行感到厌烦，但裘德依旧开始了旅行。时而在不断掠夺的人类眼下逃离，时而穿越机械群阔步的危险地带，完成了运送的委托。
菲利亚多次提到她想要成为人类。 据说只要到达天空的彼端，那么人造人就能够成为人类……？