就在此处的奇迹。 主人公・矢神一馬，小时候在森林中，遇到了一位非常美丽的女性精灵。 精灵把自己所带的吊坠交给了他，希望他能够[在将来帮助自己的女儿] 那个梦境，重复了无数次。 虽然看起来宛如虚幻，但那时所接受的吊坠，却告诉自己那是毫不虚伪的现实。 但是，从那时起已经经过了十数年，却完全没有遇到那时的精灵和精灵的女儿。 现在则是随意的过着住宿制的学院生活。
某个时刻，一馬发现了一个金发的女孩子在最高的风口处晃晃悠悠的走着。 少女就那样跌落了下来，千钧一发之际，一马把她抱住从而拯救了她。 下个瞬间，不可思议的事情发生了。
[一马，你一个人突然跑出去发生什么了吗？]
好像除了一马以外都无法看见那个少女。 刹那间，一马想起了这个学园所流传的七大不可思议事件的一个。
“学园中，徘徊着看不见的少女”