有着一种被称为“傀儡（くぐつ）”的人偶。 混迹于人类社会中，背地里操控着世界的历史走向。 然而，没有人知道，到底是谁出于什么目的创造了傀儡，傀儡又是因为谁的意志而行动着。
主人公羽白光奈是一名随处可见的普普通通的高中女生。 最近的习惯是每天来往于自己喜爱的人偶馆。 为了与一个放置在人偶馆深处的、被叫做“瑠枷（るか）”的美丽人偶相见。光奈频繁地拜访着这座人偶馆。 ——直到有一天，光奈的世界完全被颠覆了。 她拥有了能够看见混迹于人世的“傀儡”的力量。 实际上，瑠枷是传说中拥有着左右世界未来的能力的、被称为“ミマ”的存在，因为和瑠枷达成了契约（共鸣），光奈获得了可以看见并破坏“傀儡”的力量。
更是由于光奈觉醒了此力量，被强行征入了以破坏（暗杀）混迹人世“傀儡”为目的的组织。 虽然想要珍惜作为普通高中生生活的光奈极力反对这种毫不讲理的行为，但是和她本人的意志无关的，“傀儡”出现在她的生活中。
和光奈同属一组织下的有，虽然年幼但拥有天才头脑的小学生ジェシカ、隶属于华侨财团的妖艳美女楊麗鈴（ヤン・レイリン）、然后是在同一所高中上学的統神璃子 （すめらみ りこ）。 光奈和她们一起与“傀儡”战斗着，从中她们和同伴之间的羁绊渐渐加深。 然后和谜之美女高千穂紗代 （たかちほ さよ）接触，还有好友相沢真琴 （あいざわ まこと）被卷入了事件后导致事态骤变。
这是、傀儡和人类之战吗？ 光奈怀揣着对自己命运的疑惑投入了战斗——