舞台是 近未来的日本。 一种被称为オートマタ（Automata）的人工智能已经普及。
它们被作为朋友、恋人、或是劳动力来使用。 与人类亲密相处，融入社会之中。 主角伊奈宗介是一个オートマタ维修工，作为店长继承了爷爷的店——“伊奈モータース（ina motor）”，过着平静的每一天。
某天，一个オートマタ少女倒在了店门口。 伊奈宗介判断她是个原主人不愿出钱正常报废而被遗弃的オートマタ，因此回收了她。 结果发现她竟然是个伪装成オートマタ的人类。
少女失去了双腿，但并未安装普通的假肢，而是直接嵌入了オートマタ组件中，就这么不明所以的倒在了那里。 保护了“枚方初音”这个谜之少女的宗介，被卷入了一场将人类四肢斩断贩卖的黑暗“人体贩卖”事件中。
他的幼驯染八雲舞花是个警官。 而另一个幼驯染京橋みこと是个假肢安装员。 与同伴追寻事件真相的过程中，出现了企图刺杀初音的オートマタ，事件的混乱与谜团逐步加深。