在离城市不远的森林之中，有一所被称为箱庭的学园存在。 这个因被森林包围的模样而被称为箱庭的学园，不知从何时开始，开始了被称为“箱庭祭”的独立学校的学园祭。 而有一个关于学园祭的七大不可思议说：
“在箱庭祭的第二天，一定会发现某人怪奇的尸体——”
在学园祭的当天，学生们会消失并被关进黄昏的学园里。 那是五位的少年少女。
陌生的银发少女“古都 莉绪” 记忆缺失的青梅竹马“佐仓 绫奈” 不记得何时相识的学妹“柴谷 栖” 主人公挚友的男学生“折本 树” 还有主人公“井草 恭也”
这是人为的软禁吗？七大不可思议的传闻是真的吗？ 为什么只留下了他们五人？这种情况又究竟意味着什么？
“你有过杀人的回忆吗？”