故事发生在空中王国涅奥思斐亚，王国依靠天才工坊士娜诺卡一行人化解了坠落危机， 可高速发展带来了严峻的能源枯竭难题。
为化解这场能源危机，安琳瑟女王指派娜诺卡负责相关事宜， 元老院同时从茱莉亚学院选出娜诺卡的学姐， 也是她的竞争对手帕娜比亚，二人一同深入王国地底， 探寻古代巨型能源设施Effective-E，以此寻找可用的替代能源。
整体剧情以能源争夺与王国存亡为主线， 融合策略经营与冒险探索内容， 延续系列一贯围绕国家重建、科技发展展开的核心主题， 展现出架空幻想世界里各方势力的矛盾冲突与携手协作的全过程。